细胞的骨架相当于铁路运输网络中的铁路网或者公路运输网络中的公路网。细胞骨架贯穿在整个细胞中，主要由三种不同的纤维组成——微管、微丝、中间纤维，起运输功能的主要是前两种。
[[File:Myosin.PNG|800px]] [[File:Kinesin.PNG|400px]] [[File:Kinesin1.PNG|800px700px]]
上图从左到右依次为Myosin、Dynein和Kinesin。在微丝上运动的主要是Myosin, 运输的效率较低；在微管上运动的主要是Kinesin和Dynein,，Dynein的速度最快，最快能够达到十几微米每秒，相当于自身尺度的1400倍，Kinesin的平均运动速率相当于自身尺度的300-400倍。因此类比到交通运输方式，Kinesin和Dynein就相当于航空运输，而Myosin介导的运输可以视为公路运输，而扩散则相当于铁路和水路运输。
不同的细胞器在细胞中所处的地位是不同的，细胞核是细胞的中心，对细胞有着控制权，对于安全性的要求也较高，因此要想从细胞核的外部进入细胞核的内部需要通过特殊的核孔复合物，并且通过特殊的Ran介导的方式入核。
[[File:城市运输3.png|400px800px]] [[File:Clathrin.PNG|400px800px]] [[File:COPII.PNG|400px800px]]
从高尔基体到胞内体或者从细胞外到胞内体是细胞中运输通量相对较大的运输路径，因此选择了Clathrin介导的膜泡运输，由于形成Clathrin包裹的小泡的原料分布范围很大，因此能够介导大量的运输，而COPII介导的从内质网到高尔基体以及COPI介导的从高尔基体到内质网则相对运输通量较小。