首先运输的快慢主要可以由两个因素决定，一个是介导运输的机制，另一个是运输的通量。细胞质中充满了细胞质基质，物质在细胞质基质中能够进行依赖于浓度的扩散，还能够通过细胞骨架介导的运输，将货物输送到目的地。直接扩散依赖于物质的化学势差，效率较低。后者的效率非常高
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细胞的骨架相当于铁路运输网络中的铁路网或者公路运输网络中的公路网。细胞骨架贯穿在整个细胞中，主要由三种不同的纤维组成——微管、微丝、中间纤维，起运输功能的主要是前两种。
[[File:细胞骨架1.png|thumb|400px]] [[File:Myosin.PNG|400px]]
在微丝上运动的主要是Myosin, 运输的效率较低；在微管上运动的主要是Kinesin和Dynein,，Dynein的速度最快，最快能够达到十几微米每秒，相当于自身尺度的1400倍，Kinesin的平均运动速率相当于自身尺度的300-400倍。因此类比到交通运输方式，Kinesin和Dynein就相当于航空运输，而Myosin介导的运输可以视为公路运输，而扩散则相当于铁路和水路运输。