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环境生物学教研所主要针对环境污染控制工程和污染环境修复工程中所涉及的微生物学过程和关键生物技术，围绕环境微生物资源的开发、污染物生物转化与分解机理、环境微生物群落结构与功能解析和调控、污水再生处理与安全利用、污染物生物毒理与风险评价、高效新型微生物反应器的开发、环境有害微生物的安全控制技术、污染环境的生物修复等方面开展基础和应用基础研究。目前，环境生物学教研所承担国家973项目课题3项，科技支撑计划项目2项，国家自然科学基金项目4项，国际合作项目2项，另外还有国家部委和地方项目多项。