国家实验室（1）
- 清华信息科学与技术国家实验室（筹）
清华信息科学与技术国家实验室（筹）（以下简称清华信息国家实验室）是科技部于2003年11月25日批准筹建的第一批5个国家实验室之一，依托清华大学筹建。 清华信息国家实验室将按照“以培育国际一流实验室为目标，组织开展与国家发展密切相关的基础性、前瞻性、战略性科技创新活动，建立全新创新机制，吸引、聚集和培养国际一流人才”的基本要求，整合清华大学在信息领域的3个国家重点实验室（智能技术与系统、微波与数字通信、集成光电子学－清华大学分室）和3个教育部重点实验室（普适计算、生物信息学－信息学院分室、信息系统安全），发挥清华大学在计算机科学与技术、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程以及软件工程5个一级学科优势，进行重点建设。其建设目标是在国家目标引导下，通过对清华大学信息领域的优势资源整合，建成信息科技创新的优秀研究团队和先进的开放合作平台。
- 清华信息国家实验室的研究方向覆盖信息科学的基本理论、信息的获取与采集、信息的通信与网络、信息的处理与计算、信息技术基础器件、信息技术的应用以及以先进信息技术为主导的科学探索等诸多方面，旨在取得有重大影响的研究成果，可具体分为以下五大研究方向：
1. 海量智能信息处理理论、技术与应用 2. 下一代互联网络的理论、技术与应用 3. 新一代宽带无线与光通信理论与技术 4. 新型微电子、光电子器件核心与技术 5. 面向未来的前瞻性交叉性创新探索（包括：生物信息学与中医药现代化，量子信息计算、调控、通信及其固态实现，认知科学与脑科学，可信软件等）
- 清华信息国家实验室实行理事会指导下的主任负责制、与国际接轨的学术管理制度、以竞争和流动为核心的人事管理制度、科学合理的分配激励机制以及岗位聘任制和任期合同制。清华信息国家实验室主任和各研究部主任均本着“公开、平等、竞争、择优”的原则，在国内外公开招聘。
- 清华信息国家实验室坚持 “开放、流动、联合、竞争”的运行机制，设有国际咨询委员会和学术委员会。现设有10个研究部以及面向成果转化的技术创新与开发部和面向社会开放的公共平台与技术部，并建立了面向新兴学科的量子信息中心。
- 清华信息国家实验室位于清华大学，主要机构集中在信息科学技术大楼，具有优良的学术研究环境和先进的科技研发设施。该建筑占地近2公顷，总建筑面积为3万6千平方米。
重大科技基础设施（1）
国家蛋白质科学基础设施（北京基地)
国家大型科学仪器中心（2）
北京电子显微镜中心 北京电子能谱中心
国家重点实验室（13）
化学工程联合国家重点实验室（联合） 智能技术与系统国家重点实验室 环境模拟与污染控制联合国家重点实验室（联合） 水沙科学与水利水电工程国家重点实验室 低维量子物理国家重点实验室 摩擦学国家重点实验室 生物膜与膜生物工程国家重点实验室（联合） 汽车安全与节能国家重点实验室 精密测试技术及仪器国家重点实验室（联合） 电力系统及发电设备控制和仿真国家重点实验室 集成光电子学国家重点实验室（联合） 新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室 微波与数字通信技术国家重点实验室
国家工程实验室（7）
数字电视国家工程实验室（北京） 下一代互联网核心网国家工程实验室 电子商务交易技术国家工程实验室 特高压工程技术（昆明、广州）国家工程实验室（联合） 神经调控技术国家工程实验室 工业酶国家工程实验室（联合） 抗肿瘤蛋白质药物国家工程实验室
国家工程研究中心（4）
光盘系统及应用技术国家工程研究中心 燃气轮机与煤气化联合循环国家工程研究中心 工业锅炉及民用煤清洁燃烧国家工程研究中心 生物芯片北京国家工程研究中心
国家工程技术研究中心（3）
国家计算机集成制造系统工程技术研究中心 国家道路交通管理工程技术研究中心（清华大学分中心） 国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心
清华大学－北京大学生命科学联合中心（1）
清华大学－北京大学生命科学联合中心
国家国际科技合作基地（联合研究中心）（3）
新能源与环境国际研发中心 功能材料国际联合研究中心 清华大学新材料国际研发中心
国家国际科技合作基地（示范型合作基地）（2）
摩擦学国家重点实验室（清华大学） 清华大学中俄战略合作研究所
教育部重点实验室（17）
生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室 生态规划与绿色建筑教育部重点实验室 工业生物催化教育部重点实验室 土木工程安全与耐久教育部重点实验室 应用力学教育部重点实验室 固体废物处理与环境安全教育部重点实验室 地球系统数值模拟教育部重点实验室 先进成形制造教育部重点实验室 蛋白质科学教育部重点实验室 热科学与动力工程教育部重点实验室 生物信息学教育部重点实验室 先进反应堆工程与安全教育部重点实验室 普适计算教育部重点实验室 先进材料教育部重点实验室 粒子技术与辐射成像教育部重点实验室 有机光电子及分子工程教育部重点实验室 信息系统安全教育部重点实验室
教育部－微软重点实验室（1）
清华大学媒体与网络技术实验室
教育部工程研究中心（7）
建筑节能教育部工程研究中心（清华大学建筑节能研究中心） 清洁能源化工技术教育部工程研究中心 节能增效智能化技术与装备教育部工程研究中心 核电技术教育部工程研究中心 固体器件与集成技术教育部工程研究中心 计算机网络技术教育部工程研究中心 辐射技术与辐射成像教育部工程研究中心
其他教育部科研基地（1）
国家服务外包人力资源研究院
环保部重点实验室（3）
国家环境保护微生物利用与安全控制重点实验室 国家环境保护大气复合污染来源与控制重点实验室 国家环境保护生态工业重点实验室（联合）
环保部工程技术中心（1）
国家环境保护技术管理与评估工程技术中心
国家体育总局体育社会科学重点研究基地（1）
清华大学国家体育总局体育社会科学重点研究基地
安全生产技术支撑体系专业中心实验室（1）
国家安全技术支撑体系国家级中心关键储备设施火灾安全与应急技术基础研究实验室
国家文物局重点科研基地（1）
空间信息技术在文化遗产保护中的应用研究国家文物局重点科研基地（清华大学）
国家中医药管理局中医药科研三级实验室（1）
中药化学实验室
教育部人文社会科学重点研究基地（4）
清华大学现代管理研究中心 清华大学技术创新研究中心 清华大学高校德育研究中心 清华大学出土文献与中国古代文明研究中心（清华大学出土文献研究与保护中心）
教育部高等学校软科学研究基地（1）
清华大学科教政策研究中心
教育部教育战略与规划研究中心（1）
教育部－清华大学教育战略决策与国家规划研究中心
文化部国家文化产业研究中心（1）
国家文化产业研究中心（清华大学文化产业研究中心）
北京实验室（1）
生物医学检测技术及仪器北京实验室
北京市重点实验室（13）
传热与能源利用北京市重点实验室 网络多媒体北京市重点实验室 绿色反应工程与工艺北京市重点实验室 城市综合应急科学北京市重点实验室 膜材料与工程北京市重点实验室 微量分析测试方法与仪器研制北京市重点实验室 蛋白质药物北京市重点实验室 生物制造与快速成形技术北京市重点实验室 精细陶瓷北京市重点实验室 核检测技术北京市重点实验室 精密超精密制造装备及控制北京市重点实验室 多维多尺度计算摄像北京市重点实验室 二氧化碳资源利用与减排技术北京市重点实验室
北京市工程实验室（1）
电子商务交易技术北京市工程实验室
北京市工程研究中心（6）
北京市集中生物燃气利用工程技术研究中心 铁路客运服务系统北京市工程研究中心 北京市多模态医学影像工程技术研究中心 北京市无线医疗与健康工程技术研究中心 可视媒体智能处理与内容安全北京高等学校工程研究中心 北京市生物燃料工程技术研究中心
北京市国际科技合作基地（12）
中美电动汽车技术北京市国际科技合作基地 先进碳纳米管宏观体材料北京市国际科技合作基地 高技术陶瓷材料与工艺北京市国际科技合作基地 多功能DNA纳米复合生物材料北京市国际科技合作基地 二氧化碳资源利用与减排技术北京市国际科技合作基地 生物燃料技术创新与应用北京市国际科技合作基地 生物三维打印北京市国际科技合作基地 智慧城市关键技术北京市国际科技合作基地 微纳器件技术北京市国际科技合作基地 传染病研究北京市国际科技合作基地 绿色能源与电力安全北京市国际科技合作基地 城市垃圾干发酵技术北京市国际合作示范基地
北京市哲学社会科学研究基地（1）
清华大学应急管理研究基地
中国机械工业联合会重点（工程）实验室（1）
机械工业并混联机构及控制实验室