清华大学环境生物学实验室位于清华大学环境学院527，由清华大学环境学院与生命科学学院、清华大学环境学院深圳研究生院联合申请建设“国家环境保护环境微生物利用与安全控制重点实验室”，于2011年4月正式获得环境保护部批准，由清华大学环境学院饮用水安全研究所负责运营。该重点实验室是目前我国唯一以环境微生物利用与控制为目标，面向国家环境管理服务的重点实验室。
该重点实验室承担了清华大学在环境微生物学领域与国际进行学术交流与合作的平台作用，将促进国内相关领域优势单位和人员的合作交流，提升我国环境微生物学领域的国际影响力；培养优秀的创新型骨干人才和领军人才，为国家和地方提供环境微生物方面的技术支持。以“再生水安全高效利用理论与技术”的研究为例，研究目的为“生物风险与化学风险的协同控制”，其中，生物风险主要指高风险微生物与生物稳定性的控制，化学风险主要指生物毒性产生机制及其控制原理，利用的前瞻技术路线为“高级氧化、安全消毒、资源转化”。研究方法手段包括：生物毒性评价、有机物组分分析与表征、（病原）微生物检测、微生物分离培养与功能评价反应动力学与反应器解析。清华大学环境微生物学实验室的研发与实践活动，将为中国水处理领域探索新的可能性。
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